學校成立以校長為組長的心理健康教育領導小組，配備有三名心理學系本科畢業的心理健康教育專職教師，專撥經費開設哲理中學心理健康咨詢中心，配有教室辦公室、接待中心、圖書室、放松室、宣泄室、沙盤室、心理咨詢室，制定工作計劃、工作職責，為開展學校心理健康教育工作提供前提條件。

學校針對青春期學生的心理特點，積極開展心理健康咨詢活動，開設心理健康教育課，設立了心理咨詢信箱和心理咨詢電話，創辦了《心語》心理月刊，每日安排心理咨詢值班教師，每學年舉辦“5.25”心理健康周活動，開展“青春期心理特點”講座，及時解答學生心理障礙。針對學校留守孩子多的特點，建立了德育導師制度和留守孩子心理健康檔案，為同學們排憂解難。同時，學校還通過班長周記、教代會，收集來自師生對學校管理和改革提出的意見和建議，及時解決師生在學習、工作及生活上的難題，受到了師生的一致好評。